Zdiagnozowanie nadwrażliwości na gluten może być nieco problematyczne, gdyż dokonuje się ono na zasadzie wykluczenia innych chorób, takich jak celiakia czy alergia. Osoba ciepiąca na nadwrażliwość ma bowiem w normie przeciwciała IgE, co wyklucza alergię oraz prawidłową liczbę przeciwciał tTG, DGP, EmA, wykluczającą celiakię. Wyniki pokazują także brak zaniku kosmków jelitowych podczas biopsji. Jedynym odchyleniem od normy może być obecność przeciwciał antygliadynowych AGA (w klasie IgA i/lub IgG), które występuje jednak jedynie u około 50% badanych.